一开始，我们见到的是今次黑白的舞台伊修地方的博士
她向我们介绍了PM是什么，相信大家都知道了吧。和前作没什么两样，是和我们一起战斗一起游玩的生物。
之后，就轮到选择我们的主角了。有男女两种选择，之后便是设定名字，输入完毕后，会介绍本作的两位劲敌，贝鲁（女）和切雷恩（男）。之后便正式进入游戏。
一开始主角在房间里，两位劲敌会走进来。之后会和主角说起关于博士送的礼物的事。礼物上的信写着，从三只PM中选择一只！之后打开礼物。
这里笔者选择了火猪。
随后两位劲敌也选择了PM，好战的贝鲁主动要求与主角对战。她使用的是被主角选择的初始PM克制的那只（LV5)。
无论战斗胜负（胜利就得到500，败北的话。。呵呵。。），因为精灵对战，房间里乱得不成样子（。。。）。然后切雷恩帮助主角和贝鲁的PM回复HP。
之后与切雷恩对战，他使用的PM是克制主角选择的初始PM的那只（Lv5)。
战斗后（胜利得到500）因为妈妈的呼喊，两位劲敌下楼，跟着下楼吧。
原来楼下的妈妈听到了精灵对战的声音，便喊三人下来，之后三人才想起去研究所的事情。两位劲敌走后，妈妈会帮主角的精灵回复体力。
之后得到功能！然后离开自己家。
从自己家出来后看到贝鲁急匆匆的离开。去贝鲁的家（左边），一进去就看到贝鲁对自己父亲表示要成为伟大的精灵训练师。之后贝鲁往外走的时候看到了主角，说了“没关系的，没关系”，便离开了。（小光你跑错世代了。。）
之后往博士的研究所（最上面）进发，看到门口立着的两位劲敌，和切雷恩说话，一起进去见博士。
进去后博士向三人打招呼，正要自我介绍的时候，切雷恩却说出了她的名字，博士大囧。。之后她重新介绍了自己，是为了研究精灵诞生和起源的博士。
随后，她说PM是值得信赖的一起战斗的伙伴，并且问你要不要给初始PM取名字。（这里随意）
不管你说什么名字，她都会说是个好名字的。。。
接着她说到了PM图鉴，对此贝鲁表示疑惑不解，博士做出了解释。PM图鉴是能自动记录遇到的PM资料的道具。主角等三人要为了精灵图鉴的完成而踏上冒险之旅。这里选否的话会无限问你。。老实选是吧。
在此之后，博士会说要教大家遭遇野生PM的方法，要大家来1号道路等她，之后离开了研究所。两位劲敌为之后如何冒险议论纷纷。
离开博士的研究所，两位劲敌也会一起出来。主角的妈妈正在门口等着主角，她会赞赏主角接受了博士完成PM图鉴的愿望。（我是被迫的。。TAT)把小镇地图给了主角等3人。
之后妈妈鼓励主角在伊修地方尽情地冒险，便离开了。两位劲敌也去1号道路找博士了。
往右，再往上去镇子，和两位劲敌一起去1号道路吧！
博士会在那等着，告诉众人PM图鉴会自动记录遇到的PM，如果能捕获PM能得到更详细的信息。之后便是一场演示的捕捉精灵的过程。
随后主角得到5个精灵球，博士离开。两位劲敌发下了竞争宣言后也跟着离开了。
之后往上走，到下一个城市前面。两位劲敌就在那等着你，问你抓住了多少PM。不过，数目并不影响什么剧情。（就算抓一只也可以）然后博士用功能叫大家去精灵中心。
进入下一个城市，到精灵中心门口（出镇的路被2个怪人拦住了），发现两位劲敌正等着你。进去后博士在里面，会介绍精灵中心的功能，之后和上面的乔伊晓姐说话恢复PM的HP.
然后是介绍左边的储存PM的电脑，以及右下的道具店（道具店和精灵中心合体了。。）
整备完毕后，出门往左，和切雷恩对话，会发现左边有个老怪人在一群怪人（。。）的簇拥下来发表演讲。那个老怪人自称是等离子团的，说了一堆关于如何对待PM的话，之后就走了。
主角和劲敌才不会被他***呢，但是这时候就跑过来一个被***的人，他的名字叫N。他会说PM根本不需要精灵球来束缚行动，和主角展开对战。使用PM为Lv7的No.015.打败他后他很失望地离开了。从左边离开镇子吧。
出镇收到妈妈的来电，之后妈妈出现在自己身后（好快。。）给了你跑鞋，按住B可以跑得更快，在室内也有效。
这里开始会出现训练家，被他们视线看到会强制展开PM对战。
到下一个镇子，门口看见贝鲁，她会要求和主角对战，使用PM为Lv7的No.12和Lv.8的被克制的主角PM。
到道馆（精灵中心右边）会看见门被挡住了，先去当地的精灵学院（精灵中心左边）吧。
和切雷恩（最里面的）对话完毕，会要求和主角对战。使用PM为Lv8的No.15和Lv.8的被克制的主角PM。
接着在右边的道馆，与门口的馆主对话后他会进去。进入道馆后可以得到一个恢复50HP的苏打水。注意踩的地板顺序，为火（红色，克草）和草（绿色，克水)和水（蓝色，克火）。本作馆主前的的普通训练师都很强，小心对付。
到最深处和馆主对话，会分出3个人。。和最前面那个人（使用PM属性克制你的初始PM对话）。。开战！
使用PM为Lv12的No.12，和Lv.14的克制你初始PM的猴子（No.17,19,21中的一只)。建议锻炼自己的初始PM等进化了再对战。（火猪Lv17进化。。）
战胜他后得到徽章！可以控制交换得到的Lv20以下的PM.得到83号技能机器！效果攻击特攻都上升一级。（双刀用强化技能？另外本作的技能机器都可以无限使用。)
出门后见到一位女研究员，被她带进右边的房子。原来她是博士大学时的朋友，得到秘传机器01。可以砍伐掉路上的小树木了。
往右出门，可以到达一个叫梦之迹地的地方。进入后不久一处破墙边的树木可以砍伐掉。之后贝鲁出现，问你是否来找不可思议的PM，就进去了。
进入那里后听到PM的叫声，赶快过去看看。会看到一只PM（No.23)，之后跟着它跑的时候，等离子团的喽啰出现（衣服好没品。。），想抓它，依靠它进化后放出的瓦斯催眠人们来操纵人心，实现“使所有PM自由”的目的。一言不合，开打！
2连战，使用PM为Lv.10的No.10，以及Lv.10的No.15。战胜他们后，他们还尝试抓捕，这时候等离子团的头目出现（分身了！？），两个喽啰怕被处罚逃走了。之后头目也消失了。
然后那只PM的亲人来找它，女研究员也赶来，它们丢下一样道具离开了。女研究员捡起那个道具，要主角来她的家。跟着过去吧。
在那儿可以获得C-GEAR。（终于有电子表功能了。。）点画面右下的电源键可以启动它。（是一种通信功能）之后旁边的女孩会给你WI-FI好友本。
梦之迹地的道路暂时无法继续前进，从左边出镇子去3号道路吧。跑不久就会发现饲育屋，可以寄放PM使它们自己升级，更可以培育出PM的蛋。
往左走，切雷恩会拦住你。对战！使用PM为Lv.14的克制你的主角PM和Lv.12的No.15。
打败他后2个等离子团的喽啰急匆匆逃过，发生了什么事？之后贝鲁和一个孩子跑过来，原来孩子的PM被等离子团的抓走了。切雷恩表示要去追回孩子的PM之后往前去了。
往前走，会看到一个洞穴，切雷恩在门口。他说看来那2个喽啰跑进洞穴中了。PM准备完毕后（选是），追上去！
在地下水脉洞穴，进去就能看到切雷恩和2个等离子团的喽啰。他们还大放厥词说小孩子不适合用PM，开战！使用PM为Lv.12的No.10。
打败喽啰后，切雷恩要求把孩子的PM还回来。这时候突然传来“没有还的必要!!”的吼声，原来又来了2个等离子团的喽啰。
双打对战！切雷恩会帮你的忙，他使用的PM是前一战的PM。等离子团使用2只Lv.12的No.10.打败他们后就会把孩子的PM归还。
之后跟着切雷恩出洞，去前面和他对战的那里。贝鲁和孩子表示感谢，同时孩子送你一个治疗球。往下前进遇到切雷恩，他会告诉你颜色很浓的草里会同时出现2只PM，要注意。往下左前进去下一座城市吧。
在下一座城市 进去后就会碰到切雷恩。他会带你到精灵中心，告诉你馆主使用的是普通系PM用格斗系PM会比较有利，并且给你醒睡果。
往上走到博物馆门口，遇到N，他依然固执地想要宣传自己的思想。对话后选是再次开战！使用PM为Lv.13的No.57,No.41,No.38。打败他后他会离开，并且说出他的目标是伊修地方传说中的PM，赛克罗姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）
进入博物馆看到一个人正看着一座巨大的快龙的骸骨化石。那人表示自己是这座博物馆的副馆长。
然后他会给你看化石蝎的化石，一块陨石，和沙漠附近发现的石头。最后他会带你到一个门前说这是道馆。进去挑战吧！一进去还是会得到一瓶苏打水。
这个道馆内要翻阅书本来找到馆主。顺序是左下柜子椅子上面那一本→左中柜子椅子上面那一本→左上柜子上那个女研究员（对话选是，开战）（居然是机关车。。）→右下柜子椅子上面那一本→右中柜子椅子上面那个女生（会开战）→之后柜子移开现出密道，进入后和馆主开战！
使用PM为Lv.18的No.13,Lv.20的No.11。打败她后获得徽章，之后突然听见“妈妈——！！”副馆长跑进来了。（原来是母子关系。。）原来是等离子团前来入侵，一起出去会会他们吧。
出门后发现等离子团的一群人把快龙骸骨的头部抢走了，追上去！出去看到馆主的同时会同时看到另外一个道馆的馆主，两位劲敌也会赶到。
从贝鲁手里得到道具探索器！之后劲敌们负责守护博物馆，2位馆主各自分头离开。往左边走遇到另一位馆主，看来等离子团逃进了森林中。有2条道路，馆主负责上面的道路，主角就往左边进发吧！
路上会遇到几个喽啰，打败它们！（怎么本作的精灵护林员变忍者了。。喜欢躲在绿色泥丸里，打败三个用三种属性猴子的人后能得到3种果实）
打败第四个喽啰后夺回快龙的头骨，然后等离子团的一个被称为七贤者之一的干部出现接走那喽啰，想要为他报仇，两位馆主的出现使他放弃了这个想法而丢下威胁的话离去。
临走前，普通系馆主会送给你一个月之石。从右边再往上出去吧。穿过一座雄伟的大桥（景观确实是历代最雄伟的。。）能到达新的城镇。
往最左边再往上（这个视点可能有人不熟悉。。）到道馆门前，切雷恩会从里面跑出来，说了一句话急匆匆离开。前面出现的那位虫系馆主也会从里面出来离开。跟过去。从图示地点往下。
之后会遇到贝鲁，虫系馆主和一位神秘少女爱莉丝（黑白动画女主角？暂不剧透）谈话间一个等离子团喽啰出现了。看到大家在对话就逃走了。。之后虫系馆主离开，跟着他过去道馆的方向吧！
在靠左边的街上（不是道馆里）看到3个等离子团喽啰和虫系馆主对峙。选是和一个喽啰对战。战翻这些杂鱼吧！打败他们后他们会跑去向七贤者报告，然后爱莉丝和贝鲁赶到。跟着他们进去吧！
进去看到3个等离子团的七贤者，原来他们的野心是要成为“解放”伊修大陆的英雄，所以四处演说。之后他们把No.23还给了贝鲁，便离开了。
其他三人也跟着离开，虫馆主说在道馆里等着主角。去道馆会会他吧！
蜂房一般的道馆的解谜方式是对于**粘液状的门，推左边→推右边→推中间！就可以过去了。
其实按下所有按钮就可以到馆主那了，但是要注意左下的那个按钮和中→右上那个门后面的按钮是个陷阱，里面是训练师，不想打请别按。那个按钮上面一个按钮还是要按的。
之后到最深处和馆主对战，使用PM为LV.21的No.50 LV.21的No.63 LV.23的No.48,打败后得到徽章和技能机器76。可控制LV40以下的交换得到PM。
出道馆后收到贝鲁的通信，会在4号道路等着和主角对战。往上面出镇子赴约吧。（话说那条人们跑来跑去的街异常喜感。。）
她使用的PM是Lv.18的No.13,Lv.18的No.23,Lv.20的初始PM第一进化形态（被你的初始PM克制），Lv.18的猴子（克制你的初始PM）
打败她后她就会往下离开了。从4号道路往上遇到切雷恩，对战吧！！记得前面恢复好
他使用的PM是Lv.20的No.25 Lv.22的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）， Lv.20的猴子（和你的初始PM同一属性）,Lv.20的No.16（注意沙暴天气）
打败他后接到博士来电，之后切雷恩离开。往上的时候注意对战的时候会出现沙暴天气。上面的No.57鳄鱼是不错的PM，建议捕捉培养。
往最上面走，到建筑物里面会看到博士和切雷恩。得到超级球。之后两人离开，前进吧。
一进去新城市就有不平事，两个等离子团的喽啰在欺负饲育屋的老爷爷，要抢走他的PM！爷爷找主角帮忙，这时候当然要见义勇为，干掉这些烦人的喽啰！
打败一个喽啰后他们会逃去游乐场。从老爷爷手里得到自行车！！哦终于不用按着B狂跑了。之后老爷爷离开。贝鲁出现，邀请主角去游乐场后离开。往上跟着去游乐园与贝鲁对话后进入。
进入后从一个老人手里得到装饰箱，可以装饰你自己的PM。之后贝鲁和老人分别离开。
出门看见贝鲁和自己的父亲在对话争论关于旅行，这时候一个金发双马尾（是我喜欢的类型哦也！）跑了过来，原来她是这里的馆主。她睡服（？）了贝鲁的爸爸支持女儿继续精灵训练师之路，之后几人离开。
往城市的右中进一个门，N在那里等着你。他会告诉你等离子团的行踪。跟着过去一起乘坐摩天轮吧！（私奔？）原来他就是等离子团之王（好弱。。）
出来后会看到几个等离子团的团员，为了保护他们，N会与你对战。使用的是Lv.22的No.57，No.67,No.65,No.60。打败他后对话会出现他的特写（***！）。随后他会离去。
往左边走来到道馆，挑战吧。这是个乘坐游园车的高科技道馆，一路乘缆车同时按下按钮前进便可到达最深处。然后与馆主战吧！（这馆主真像镜音铃。。）
使用的PM为Lv.25的No.93两只，Lv27的No.29。打败后得到徽章和技能72，可以控制Lv50以下的交换得到PM。接着从城市左上出去（右上路不通）。
出去后遇到切雷恩。又要对战。。我说的可不可以不要整天缠着老子啊！
Lv.24的猴子（和你的初始PM同一属性），Lv.24的No.25，Lv.24的No.18，Lv.26的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）。
之后刚才打败的馆主出现带两人往左边走，看到一个炎发灼眼的。。爆炸头怪叔叔。他叫阿迪库，是伊修地方的冠军。之后他让两个幼儿园正太和两人对战，对方使用两只Lv.26的No.13。打败它们后馆主和切雷恩离开，跟着他们往左走会看到一座大桥。
两人分头离开，从桥上通过吧！（没前面的长。）继续往左边走，经过一座短桥看到了切雷恩和一个大叔。原来那个大叔就是这里的道馆馆主。此刻他正在追捕进入城市的等离子团。之后两人离开。
往左下的冷藏库走，往左走到里面切雷恩会追上你，从冷冻库左边的小门进去吧。（不是正门！真猥琐）
进去居然又是冰天地。。通过滑行来到达要到的地方。滑冰什么的最讨厌了。。到达图示的最深处，切雷恩会追上来，冷冻库的箱子里面有个门，从那里一起进去吧。
进入发现等离子团的喽啰们和七贤者之一，他们打算搞群殴！而主角的任务是解决一半的敌人，战吧！搞定右边4个姨妈（无误）后，馆主带着一群城管赶到，于是等离子团的团员都被带走了。（喂喂老头你也太不给力了吧！好歹是个七贤者）馆主离开前说会在道馆等着主角。
出去冷冻库后到城镇右上角的道馆，发现一群等离子团的团员以及两名七贤者堵住住了馆主。并且又宣扬什么“让精灵解放”之类的。然后他们自个离开了。
之后切雷恩赶到说了一段话就离开了，进入道馆吧！这里要使用电梯前进。顺序是下-右边那个平台-下-前面那个平台往上走过一段远路到达一个新的平台-下-三个平台，选上面那个，上-右边的平台，下。到达馆主房间！
馆主使用Lv.29的No.58,Lv.29的No.42，Lv.31的No.36。战胜后得到徽章可以控制60以上的交换得到的PM，之后馆主说会到6号道路的洞穴前等着你。
出门往左边走，贝鲁会从后面追上来对你挑战。她使用的PM是Lv.26的No.13,Lv.26的No.24,Lv.28的初始PM第一进化形态（被你的初始PM克制），Lv.26的猴子（克制你的初始PM）
打败她后拿到秘籍02飞空术！终于不用辛苦跑腿了。
继续前进，途中的研究所要你把四季鹿给你看，作用暂时不明。路上可能有些道具是No.96伪装的，往左上走到一个电气洞穴，调查**蜘蛛网（？）前面的馆主会出现，用No.58的碎岩术打破画着**蜘蛛网的石门。得到No.78技能机随后馆主离开。进去后看见N，走过去会被2个突然瞬间移动出现的怪人（白井黑子泪流满面。。）抓到了N面前，然后2个怪人瞬移消失。
和N对话后选是，N离开。往里面触碰挡路的水晶遇到贝鲁，和随后赶来的博士。从博士手里得到蛋！PM带着会增加力。
可以把挡路的小水晶推向带电的大水晶以前进，有时候路上会出现沙子扬起，可以遇到野生的No.35或者拿到道具。开路后博士通过研究明白了这里100年前曾经有传说中的精灵存在。
往下走，又碰到3个瞬间移动男把你带过桥，结果发现路被堵住了，叫你往下走。继续前进，在下楼梯后往上直走会碰到一条有等离子团团员把守的通道，一直打败喽啰前进吧。最后的地区请往右打败喽啰上楼。
上楼后往左走，会看见N。与N对战吧！他使用的PM是Lv.28的No.11，Lv.28的No.105，Lv.28的No.101,Lv.28的No.103。
战胜他后博士和贝鲁赶到，博士和N辩论后N和两人纷纷离开。从右边离开去新的城镇吧。
在新城镇，往上走遇到博士和当地的馆主，会给你的PM图鉴升级，以后公母PM的外貌区别也可以记录了，还增加了检索机能。
自后两人离开，馆主要你去7号路。（记得买个挖洞绳）往右上到7号道路，注意有时候草丛会晃动，能遇到野生的No.37。这里前进的方式是走细杆，小心不要掉下去。往最上走进那座塔里。
最顶层看见馆主看着一个钟，对话后一定要记得点那个钟！！点确定摇响它，之后馆主会回去。然后飞回城，往左边有飞机跑道的地方，最上面就是道馆了。
道馆的前进方式是人间大炮（。。。）请注意从不同的方向进入发射的方向也不同。
令人头晕的发射人间大炮（中间还撞墙上了。。）后到达馆主那，馆主使用PM为Lv.33的No.34，Lv.35的No.87，Lv.33的No.27。战胜后可以获得第六枚徽章，可以控制70级以下的PM，同时得到技能机器62。
出门碰到N，他还是老样子，诉说一番自己的所求后走了。往7号道路的右边走，往上可以到一座山。正要过去，切雷恩赶到，与你展开对战。
使用Lv.33的No.27，Lv.33的猴子进化（和你开始选的PM属性一样)Lv.35的初始PM第一进化形态（克制你的初始PM）Lv.33的No.18。
打败他后发现冠军出现在山洞门口，跳下来对话后得到秘传03冲浪术。进入山洞后遇到切雷恩和第五馆主，对话后2人离开，在山洞中探索吧。
在某个地方会看到切雷恩和等离子团团员战斗，之后等离子团另一个人到来，两人离开。切雷恩说他们是被迷惑了的人。从右边出去，碰到博士，他要你去龙之塔。往上面走，恢复体力后先进入冰系道馆吧。
这里又是老样子，通过滑冰前往想要到的地方，在仓库里已经见识过了吧。注意碰到拐角会滑往旁边，按按钮就可以调整拐角的方向。
滑冰到最里面，和馆主战斗吧！他使用的PM是Lv.37的No.89，Lv.39的No.120，Lv.37的No.121。
战胜后得到第七枚徽章可以控制80级以下的PM，同时得到技能机器79。
出道馆碰到劲敌两人组，然后馆主也跑出来了。对话间突然冒出那3个会瞬移的家伙，说N会在龙之塔等着众人，就瞬移消失了。馆主和切雷恩一起往右离开了，跟上去看看吧！
到龙之塔门口看到博士，贝鲁也追了过来。原来等离子团中出了龙之塔。。。错了，是凿开塔壁入侵了龙之塔。龙之塔最上面有众人追求的传说中的PM，因此N才要上去获得它吧！从博士手里得到森之羊羹，就上塔去吧。
往塔上前进，到一个楼梯口就会震动，塔的最上层发生了什么事！？一路往上发现切雷恩，原来通道倒了一部分。绕远路到他那去吧！
注意石柱是可以上去的！不要乱转浪费时间。。
在4L发现切雷恩和冰系馆主挡住了一群等离子团的成员，趁这个时候击败下面的大批喽啰，从下面前进吧！
6F请从右边开始绕圈子，顺序是右前右前左上右下左下右下左。
7F听到PM的吼叫声，然后往上，会看见一个七贤者和4个杂鱼，杂鱼们会围住你群殴。有点小麻烦，4个人加起来有6只PM，战翻他们吧。之后往上走，看到N站在塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）面前。他向神兽述说自己的欲望，要征服精灵联盟，看来已经来晚了。。N打算去寻找另外一只神兽，塞库洛姆（白版）/雷吉拉姆（黑版）。然后被那只神兽带走了。
切雷恩和冰系馆主赶到，切雷恩看到他能驯服传说中的PM，怀疑N是不是真的救世主。
出来后五人正在交谈，说到还有一只传说中的龙之PM，冠军赶到。
交谈后大家决定去4号路的古代之城找另外一只传说中的龙之PM。飞回正下方那座城市（虫系道馆的所在地）。往上去4号道路，在沙漠的最后往左走。到达一片新的沙漠，往左上走，会看见不少PM雕像，那里有个往下的楼梯，正要下去的时候会遇到切雷恩，从这里进入古代之城吧。
往左走，第一个入口的流沙右下有个朝左边的人，和他说话他会因为身上化石太重给你一块化石。之后提示你第二个道馆那可以复原化石。
第二层开始果然见到了等离子团的喽啰！这时候当然是战翻他们。一路下落，前进，反正挑有人的地方打就是了。
到最深处见到冠军和等离子团的七贤者之一，切雷恩也来了。话不投机，众人分头离开。
（冠军说的很对，用种族685的一级神就算攻破了联盟又有什么值得自豪的？）之后收到博士的通信，要你去第二座道馆那的博物馆。众人分头离开。飞去第二座道馆吧。
在博物馆前见到大家，馆主也出来了。选是同意为了和平和N战斗！获得光明之石（黑版）暗黑之石（白版）。（任务道具）
接着冠军去通知第八个道馆的馆主了。众人也分头离开。飞去第七个道馆的城市，往右边去8号道路。一直往右，到达一座建筑前，这时候贝鲁会赶来，和你进行一次对战。
她使用的PM为Lv.38的No.14,Lv.38的No.24,Lv.40的初始PM第二进化形态（被你的初始PM克制），Lv.38的猴子（克制你的初始PM)
战胜之后劲敌送你一个药就走了。往建筑物内进发，过铁道桥的时候，三个瞬移男又出现包围住你，把你带去和七贤者之一对话，然后几人纷纷离开。
过桥到9号道路，得到56号技能机。通过9号道路，到达最后一个道馆所在的城镇！进去碰到冠军，他会带你去七贤者演讲的地方。他又在说什么N是被传说中的龙所认定的救世建国的英雄，以及解放PM说。
接着爱丽丝和一位老人赶到，跟着爱丽丝一起走吧。在屋子里可以了解传说中的两只PM的情报。楼上的NPC可以给你一个道具，PM携带减轻一半重量。
城市左上方就是最后一个道馆。前往挑战吧！用冰可以很好的克制龙系精灵。这座道馆的训练师很多。。馆主就是前面见到的老人（黑版）/爱丽丝（白版）。
使用Lv.41的No.117，Lv.41的No.127，Lv.43的No.118。击败后得到最后一枚徽章，可以操纵所有等级的PM，同时得到技能机器82。
出去看到博士，她会把你带去10号道路的路口，先去挑战精灵联盟吧！
是否后悔与精灵一起去旅行？选否！得到掌门球（***球）。
进去柜台处会告诉你7号道路出现了暴风雨。进入10号道路后一直往右，两位劲敌又来了，切雷恩提出和主角对战试试实力。使用PM为使用Lv.43的No.27，Lv.43的猴子进化（和你开始选的PM属性一样)Lv.45的初始PM第二进化形态（克制你的初始PM）（带了剩饭。。）Lv.43的No.18。
战胜后他会帮你的PM恢复。之后贝鲁给你一个元气块，两人离开。往右走，打开8道代表8个徽章的大门，进入冠军之路吧！！
路上看到一个不敢滑下去的人。。胆小鬼。你可以从那里下面试试滑下去。
七弯八拐通过了冠军之路（石头先不要去理。），来到宏伟的精灵联盟前，前面的接待人表示，只有不间断地打到四天王和冠军，才能表现出训练师的强悍！
打倒四天王！四天王使用的PM大多数都是Lv.48。（从门的从左到右算）
第一个天王使用鬼系PM，分别是No.69,No.99,No.115,No.129(Lv50)。
第二个天王使用恶系PM，分别是No.59,No.16,No.66,No.131(Lv50)。
第三个天王使用超能力系PM，分别是No.85,No.24,No.67,No.82（Lv50)。
第四个天王使用格斗系PM。分别是No.44,No.45,No.40,No.126（Lv50）。
结束后回到正中间和雕像对话，下去。
最里面等着主角的是N和冠军。见到主角到来，他召唤出了等离子团的城堡！！
无数巨大的建筑物突然拔地而起，把伸向了精灵联盟。之后他从上离去，切雷恩赶到。从左边的前往等离子团的城堡吧！！
进去后6位贤者在那等着你，讲出6句名言，准备和主角开打。但是8双阿迪王。。错了，8位馆主赶到，拦住了6位贤者。从左边离开，在等离子团的城堡里探索吧！
里面一个瞬移三人组之一会出现指给你一个可以恢复精灵HP的房间。进去和左边粉发的女孩对话可以恢复PM。
不断从最右边/左边的阶段前进，会出移那2次瞬移三人组，第三层最后一个会指给你N“希望的世界”。进去看到一个儿童的房间。。原来这就是N希望的世界。
在最上一层的门前，最后一名贤者出现，进入那个门，接受N的挑战吧！！N会召出塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）。而主角手中的光明石（黑版）黑暗石（白版）也会发光，塞库洛姆（白版）/雷吉拉姆（黑版）出现！N要求主角证明自己的实力。谁才是真正的英雄。。就在这里证明给你看！！
与神兽对话开战，Lv50。捕获它吧！
接着和N展开决战！使用PM是Lv.52的塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）（No.149/150)，Lv.50的No.077（佐罗亚克），No.107,No.090,No.073,No.071。
战胜后击溃了N的妄想。此时最后那位贤者出现，原来他才是黑幕！决战开始。。
他使用的PM是Lv.52的No.69,No.131,No.132,No.110,No.043,Lv54的No.141。
经过一场超级苦战，终于击败了他，之后N主动说出自己没有担任英雄的资格。冠军带走贤者后，N和主角一起到了最上面的宝座上。接着他毅然把塞库洛姆（黑版）/雷吉拉姆（白版）放生了，决定追求自己的梦想，而向主角告别。“再见！”
和绿宝石差不多
首先选择男/女主角，你的对手将是跟你性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入芳园地区啦。
首先，你会出现在天元镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让你上楼去调整时钟。调好后下楼，妈妈说博士就在这儿，让你去找他。来到隔壁的房间，上楼后调查一个精灵球，你的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开天元镇时，发现博士正被一只针鼠追赶，他让你在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑针鼠。
NO.001 草蜥蜴 草系
NO.004 小火鸡 火系
NO.006 小水狗 水系
（注：对手会选择在属性上克制你的精灵。）
赶跑针鼠后，博士会把你选的这只精灵送给你，并且要你去103号道路找他的孩子，也就是你的对手。穿过101号道路就是道吉镇了，在右边的屋子里有个大婶会送你伤药。道吉镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到天元镇的研究所，博士会送你图鉴，对手也会给你5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送你跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了。
穿过102号道路来到天元市，先去上方的训练馆。馆主是你的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完感知兽后，爸爸会告诉你，让你收集4枚徽章后再来这里挑战。离开天元市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。104号道路的上方是天元森林。在前进的途中会遇到天力公司的一名职员，他被水之团的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得肥波鲸喷壶。继续前进，抵达金水市。
以下是金水市训练馆的资料：
岩石系训练馆
NO.074 小拳石 12级
NO.074 小拳石 12级
NO.299 磁石怪 15级
走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的小海鸥被水之团的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和小海鸥，击败他后会得到一个超级球，把小海鸥还给老头后就可以回金水市了。找到刚才的职员，他会带你到天力公司找他的BOSS，BOSS会送你一个导航机，还让你给一个正在山木镇、叫代后的人送信。之后在金水市下方会遇到对手，他会向你挑战。
回到天元森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送你到山木镇。
以下是山木镇训练馆的资料：
格斗系训练馆
NO.066 腕力 16级
NO.307 阿萨那恩 16级
NO.296 拳击兔 19级
挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到天力公司找BOSS还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送你去卡依市。
刚到达卡依市，会发现在水族馆门前有许多水之团的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开卡依市。
在110号道路会遇到对手，以下是对手的资料：
小海鸥
无壳蜗牛
草蜥蜴 20级
击败他后可获得探宝仪。继续前进可到达银叶市。在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆。
以下是道夫的资料：
感知兽 16级
以下是银叶市训练馆的资料：
电系训练馆
NO.100 雷电球 20级
NO.309 疾 20级
NO.082 三合一磁怪 22级
NO.310 电 24级
在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到西达镇了。
在西达镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。回到银叶市，往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去。往右走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带。继续前进，穿过113号道路后来到哈吉镇。
哈吉镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布里面会遇到水之团和熔岩团的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石。之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶。击败熔岩团的首领后可取得化石，之后可会哈吉镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员。
以下是熔岩团首领的资料：
恶啸狗 24级
火山骆驼 24级
超音蝠 24级
下山后可来到飞音镇。
以下是飞音镇训练馆的资料：
火系训练馆
NO.218 无壳蜗牛 24级
NO.322 沙漠骆驼 24级
NO.323 火山骆驼 26级
NO.324 火山乌龟 29级
走出训练馆会遇到对手，他会给你一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。）现在已经收集够4枚徽章了，回到天元市，向爸爸发出挑战。
以下是天元市训练馆的资料：
普通系训练馆
NO.327 圈圈兔 27级
NO.264 大针鼠 29级
NO.288 狂暴猴 27级
NO.289 大猩猩 31级
打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送你秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。去银叶市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水之团占领了。
击败二楼的Boss后，气象台所长会送你一只天气小子。
以下是水之团小头目的资料：
三色鲨鱼 28级
恶啸狗 28级
出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料：
无壳蜗牛 29级
荷叶童子 29级
草蜥蜴 31级
打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到日川市。日川市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。
在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉你那种透明的东西是隐身龙变的，并给你一瓶可令隐身龙显身的喷雾剂，让你击败前面的隐身龙（30级）。回到日川市，对训练馆门前的隐身龙使用喷雾剂即可进去。
以下是日川市训练馆的资料：
飞行系训练馆
NO.333 彩云雀 29级
NO.357 热带雷龙 29级
NO.279 海鸥 30级
NO.227 钢鸟 31级
NO.334 大云雀 33级
继续前进，在121号道路会遇到熔岩团的人，来到阿田市后发现城市已经被水之团占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料：
香蕉叶龙 31级
无壳蜗牛 32级
海鸥 32级
草蜥蜴 34级
打败他后，他就飞回家去了。在阿田市最右边，发现入海口被肥波鲸封锁，从水之团的小兵口中得知熔岩团大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败熔岩团的人吧。
回阿田市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象，立即飞往飞音镇，坐缆车上山。上到山顶后往下走，会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是熔岩团的秘密基地。在深处遇到熔岩团首领，古拉顿也在那里。对话后要与首领对战，以下是熔岩团首领的资料：
恶啸狗 37级
黑蝙蝠 38级
火山骆驼 39级
对话后古拉顿逃跑，熔岩团首领也离开。
之后飞到卡依市，在上方的船厂里发现潜水艇被水之团盗走。飞回阿田市，在右上方的水域里可进入水之团的秘密基地，在深处发现水之团的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个***球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到道谷市。
以下是道谷市训练馆的资料：
超能力训练馆（2 VS 2模式）
NO.278 天然鸟 41级 and NO.344 三合一土偶 41级
NO.337 月神石 42级 and NO.338 太阳神石 42级
在道谷市右边有一所研究所，里面被熔岩团占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。
以下是熔岩组资料：
火山骆驼 36级 and 恶啸狗 42级
火山骆驼 44级 and 大嘴蝠 40级
黑蝙蝠 43级 and 恶啸狗 38级
以下是代后的资料：
NO.375 双臂恩古 42级
NO.227 钢鸟 43级
NO.306 钢甲暴龙 44级
打败熔岩团的人后，去道谷市左上角的屋子，代后会送你秘传机08潜水。离开道谷市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水之团的人，来到深处，遇到水之团首领，还有海皇牙。对话后要与水之团首领对战，以下是水之团首领的资料：
恶啸狗 41级
黑蝙蝠 41级
大鲨鱼 43级
回话后海皇牙溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个团的首领与代后。
游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达双鹿市。古拉顿和海皇牙正在这里战斗。与代后对话，他会让你进入觉醒寺。在觉醒寺深处找到Wallace，对话后他让你去天柱找他。离开双鹿市，游到131号水路，在水路的中间往上拐即可抵达天柱。在天柱顶层遇到天空之龙后，即可飞会双鹿市。
回到双鹿市，等天空之龙化解了灾难后，可获得秘传机07登瀑，之后可以去打训练馆。
以下寺双鹿市训练馆的资料：
水系训练馆
NO.370 心形鱼 41级
NO.364 古拉海象 43级
NO.340 地震鱼 41级
NO.342 钢钳螃蟹 43级
NO.230 海马龙 46级
在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，以下是道夫的资料：
大云雀 44级
超能女皇 45级
芭蕾玫瑰 44级
圆耳猫 43级
三合一磁怪 41级
闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证你拥有所有徽章后即可为你打开胜利的道路。
以下是四大天王and冠军的资料
天王1－Sidney，邪恶系天王
NO.262 恶啸狗 46级
NO.359 灾兽 49级
NO.342 钢钳螃蟹 48级
NO.275 天木狗 48级
NO.332 塔斯仙人掌 46级
天王2－Pheobe，鬼魂系天王
NO.356 黑乃伊 48级
NO.354失眠鬼 49级
NO.354 失眠鬼 49级
NO.302 地狱超人 50级
NO.356 黑乃伊 51级
天王3－Glacia，冰系天王
NO.364 古拉海象 50级
NO.364 古拉海象 52级
NO.362 巨头冰怪 50级
NO.362 巨头冰怪 52级
NO.365 海象牙王 53级
天王4－Drake，龙系天王
NO.372 龙龙贝 52级
NO.330 蜻蜓龙 53级
NO.230 海马龙 53级
NO.334 大云雀 54级
NO.373 血翼飞龙 55级
联盟冠军－Wallace
NO.321 巨鲸 57级
NO.350 美丽龙王 58级
NO.073 毒刺水母 55级
NO.272 荷叶鸭 56级
NO.130 暴鲤龙 56级
NO.340 地震鱼 56级
打败冠军后，你就成为了新一届的联盟冠军，之后Wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后就通关了。
通关后，你会回到家里。爸爸会给你一张船票，以后就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在芳园地区飞行，妈妈问你是蓝水督还是红水督，你选择哪只，以后就会遇到哪只水督。走出屋子，博士会帮你把图鉴升级为386版，之后在芳园地区就可以抓到金银版的精灵了。
坐船来到战斗乐园，这里是以前战斗塔的所在地，现已改建为更大的对战地区……这里有7种对战设施，暂时不一一作介绍。在乐园的最右边，会看到一个奇怪的树，对着它使用肥波鲸喷壶，就会出现骗人树，40级。收服骗人树后，在它挡住的地方使用冲浪，一直往左走可进入一个洞窟，在里面有大量的画画犬。
暂时离开战斗乐园，在119号道路的气象台所长那里得知，某号道路（随机变化）的天气有异常状态，之后立即到那条道路。如果那里是出大太阳，则要寻找一个山洞，古拉顿在里面；如果那里下大雨，则要寻找一小块可以潜水的水域，里面呆着海皇牙。两只神兽各70级。
去天柱，2楼需要用快速自行车冲过去（3格加速）。在楼顶有70级的天空之龙。
看过电视后，在芳园地区的某条道路会随机出现红/蓝水督，40级。
三神柱:
先去134路，和RS里一样，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（DIG），门会打开。进门，阅读文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。
1.岩（377）：
他的洞在沙漠南边，到了以后，阅读墙上的文字，然后向左走两步，向下走两步，使用碎石（ROCK SMASH）门会开，等级是40
2.冰（378）：
他的洞在105路上，到了那里后，阅读文字，然后顺时针围绕洞跑一圈（一定要靠墙）跑完后，门就会开，40级
3.钢（379）：
最后的洞在120路上，找到后，读墙上的文字，走到房间中间，使用闪光门就会开，40级
当你收集了100种PM时，博士会给你以下三只精灵的其中一只：
NO.153 小花兽
NO.155 火岚兽
NO.158 小鳄鱼
